Enquête sur les intoxications E. coli à Saint-Quentin, dans l'Aisne : "l'Institut Pasteur essaye d'être encore plus rapide que d'habitude". Comment même-t-on ces investigations ? Regardez François-Xavier Weill, le responsable du Centre national de référence des Escherichia coli à l'Institut Pasteur. Regardez Les trois questions de RTL Petit Matin avec Jérôme Florin du 27 juin 2025.
00:00Il est 6h14 et c'est l'un des titres de cette fin de semaine, l'enquête qui continue pour tenter de déterminer l'origine exacte des intoxications alimentaires dans l'Aisne.
00:1325 victimes, d'après un tout dernier bilan communiqué hier soir, le parquet de Paris est saisi et les analyses sont menées par l'Institut Pasteur, par vous.
00:21Bonjour François-Xavier Veil.
00:23Bonjour.
00:23Vous êtes le responsable du Centre National de Référence des Echerichacolis à l'Institut Pasteur.
00:30On veut savoir comment vous travaillez, comment vous procédez à ces analyses.
00:33D'abord, qu'est-ce qu'on sait avec certitude ce matin sur cette affaire de Saint-Quentin, que cette contamination est le fait de cette bactérie écolie ?
00:41Assurément, les autorités de santé ont communiqué, il s'agit bien d'un Echerichacolis entero-hémorragique.
00:47Alors ce n'est pas l'Echerichacolis que tout le monde a dans le tube digestif, c'est un Echerichacolis qui est très pathogène et qui a un réservoir différent puisque c'est le tube digestif des ruminants.
00:57Et comment on le sait ça ? C'est grâce aux analyses faites sur les échantillons prélevés sur les victimes ?
01:02Sur les malades absolument, à l'hôpital de Saint-Quentin, on peut faire un diagnostic au niveau des laboratoires de première ligne.
01:12Il y a des méthodes maintenant qui permettent de dire qu'il s'agit d'un Echerichacolis entero-hémorragique.
01:17Après, les échantillons viennent au CNR pour confirmation.
01:22Donc le CNR, ce n'est pas que l'Institut Pasteur, il y a l'hôpital Robert-Debré à Paris qui lui va confirmer qu'il s'agit bien d'un Echerichacolis entero-hémorragique.
01:30Et surtout, il va devoir isoler cet Echerichacolis entero-hémorragique parmi les milliards d'Echerichacolis qu'il y a dans le tube digestif.
01:38Et là, c'est un peu parfois chercher une aiguille dans une botte de foin.
01:42Et une fois qu'on l'aura isolée, on pourra la séquencer et vraiment savoir de quelle souche en particulier il s'agit.
01:50Et ça, c'est important pour l'enquête puisqu'on fait un peu, après séquençage, de la généalogie bactérienne.
01:55Donc on sait que les victimes ont été contaminées par cette bactérie, mais on ne sait pas d'où vient cette bactérie, c'est ça ?
02:01Alors ça, c'est l'enquête qui va le donner. Il y a des enquêtes de traçabilité épidémiologique.
02:05Et les microbiologistes également, on va pouvoir retracer un peu l'origine de cette souche juste en regardant l'ADN.
02:13Et tout ça, c'est complémentaire.
02:15Et la viande, le fait que cette bactérie viendrait de la viande, ça c'est une certitude ?
02:18C'est le grand classique, les Echerichacolis entero-hémorragiques vivent dans le tube digestif des ruminants.
02:24Et les principales contaminations, même depuis la découverte en 1982,
02:29c'est quand même associé à de la viande hachée insuffisamment cuite.
02:33Il n'y a pas que des contaminations alimentaires, il peut y avoir d'autres causes.
02:37Mais là, les épidémiologistes, ils ont travaillé.
02:39Et quelle est la priorité absolue d'une enquête comme ça ?
02:41Ce n'est pas de tout savoir, c'est de tarir la source de l'infection.
02:45Et ça a été les fermetures préventives.
02:47Il devait avoir des indices forts et concordants pour arriver, pour éviter les nouvelles contaminations.
02:52Et après, dans un deuxième temps, l'enquête continue pour comprendre où ça a eu lieu
02:56et pour éviter que ça se reproduise.
02:59Donc là, votre travail en ce moment à l'Institut Pasteur sur cette affaire, c'est quoi exactement ?
03:04Alors, notre travail, c'est la confirmation avec notre laboratoire associé à Robert Debray,
03:10qu'il s'agit bien d'un échelle à chacolis entero-hémorragique.
03:12Et surtout, parmi les très nombreux échelles à chacolis entero-hémorragiques,
03:16dire lequel est-ce et surtout la souche.
03:18C'est une souche unique, c'est un énorme codabar,
03:20puisqu'on décrypte les 5 millions de paires de bases du génome bactérien.
03:23Et on pourra dire ensuite que toutes les souches de l'épidémie, il s'agit de la même.
03:29Ça sera la même que la souche alimentaire.
03:31On essaiera de remonter dans les bases de données nationales, internationales.
03:34Est-ce qu'elle n'existait pas avant ?
03:35Et tout ça contribuera à l'enquête.
03:37Mais c'est qu'une partie de l'enquête, puisque le reste, c'est des traçabilités d'aliments.
03:41C'est des enquêtes épidémiologiques.
03:43Donc, tout ça ensemble, tous ces services de l'État travaillent ensemble
03:46pour qu'à la fin, on comprenne tout ce qui s'est passé,
03:49pour ne pas que cela se reproduise.
03:51Et quand est-ce qu'on pourra connaître l'origine de ces contaminations,
03:56sachant qu'il y a encore des cas qui se manifestent aujourd'hui ?
03:58Absolument.
03:59Mais il faut voir qu'en fonction d'une incubation qui est assez longue,
04:02vous avez des gens qui ont pu se contaminer avant les mesures de fermeture
04:06et qui se déclarent après, parce que tout le monde ne va pas tomber malade
04:0910-13 jours après la consommation.
04:14Il y a des gens, ça sera un peu plus long.
04:16Et donc, on a l'impression que c'est des nouveaux cas.
04:18Mais en fait, ils se sont contaminés avant les mesures de fermeture administrative.
04:23Donc, là, maintenant, ce qui se joue, c'est un peu la confirmation.
04:29Mais dans plein d'épidémies dans le passé,
04:32les bonnes mesures avaient été prises par l'enquête épidémiologique et de traçabilité.
04:37On avait trouvé, il y avait des évidences que c'était ça.
04:40Et ce que l'on fait en séquençage, ça confirme ensuite dans un deuxième temps.
04:44Mais on ne peut pas attendre d'avoir cette confirmation microbiologique pour prendre des mesures.
04:49Vous voyez, c'est ça le plus important.
04:50C'est éviter des nouveaux cas, que les enfants tombent malades.
04:53Donc, tout ça est fait en parallèle.
04:54Toutes ces analyses pour qu'à la fin, on ait toute l'histoire.
04:57Mais pour le grand public, c'est de savoir qu'il n'y a plus de source d'infection, le plus important.
