Pascal Boniface est au cœur d'une vive polémique après avoir ouvertement critiqué le maire de Saint-Ouen. Le chercheur en géopolitique a en effet utilisé l'expression « muslim d'apparence » en commentaire d'une vidéo pour évoquer Karim Bouamrane. La raison d'une telle expression à l'encontre de l'édile socialiste aurait été dictée par le choix de ce dernier de ne pas s'exprimer sur le conflit qui fait rage actuellement au Proche-Orient.