Sur une île au large de l'Ecosse, quelque chose a été invoqué dans les profondeurs de l'Enfer. Il s'agissait de Hellboy. Recueillie par le professeur Broom, cette créature à la peau rouge et aux cornes coupées fait désormais partie de B.P.R.D qui veille sur l'humanité. Hellboy doit mettre hors d'état de nuire Nimue, une sorcière sanglante qui vient du Moyen Age. Il peut compter sur Alice Monaghan, qui a hérité des pouvoirs magiques des fées qui l'on élevée et Ben Daimio, capable de se transformer en jaguar géant quand il souffre ou est en colère. Nimue voudrait le rallier à sa cause...