Jacob, 16 ans, a été bercé par les histoires que lui racontait son grand-père, Abraham Portman. Quand son aïeul meurt devant ses yeux dans des circonstances mystérieuses, l'adolescent se rend sur l'île au large du pays de Galles sur laquelle Abraham a passé son enfance. Dans un orphelinat, dirigé par Peregrine Faucon, Jacob fait la connaissance d'Emma, qui est capable de voler. Comme elle, les enfants de la maison dispose de pouvoirs qui font peur aux humains. Miss Peregrine utilise une montre spatio-temporelle pour protéger l'école des bombes nazies. Mais des monstres, avides de récupérer les dons des enfants, viennent les menacer...