La jeune Mary Lennox, qui vient de perdre ses parents à cause d'une épidémie de choléra, doit quitter l'Inde qu'elle adorait pour aller s'installer en Angleterre, dans l'immense manoir de son oncle irascible, Lord Archibald Craven. Malgré l'interdiction de la gouvernante Madame Medlock, Mary part explorer les lieux et tombe sur Colin Craven, son cousin dont la mère est morte en le mettant au monde. Depuis, il est resté couché dans son lit et n'a jamais mis le nez dehors. Mary décide de l'emmener dans le jardin secret qu'elle a découvert avec l'aide d'un rouge-gorge. Mary y a rencontré un jour un jeune garçon nommé Dickon capable de parler aux animaux. Ensemble, les trois amis vont tenter de transformer ce verger en un royaume de fleurs ...
