Cole Young, un combattant de MMA, est traqué par Sub-Zero, un guerrier d'un autre monde, qui a été envoyé par l'empereur Shang Tsung. Porteur de la marque du dragon sur son corps, il décide alors de partir à la recherche de ses origines et de protéger les siens du danger. Il récupère Sonya Blade sous l'égide du major Jax, et partent pour le sanctuaire de Lord Raiden où seul les porteurs de la marque du dragon peuvent entrer. Il pourra s'y entraîner avec ses semblables, Liu Kang, Kung Lao et Kano, des guerriers redoutables. Ils se préparent tous ensemble à affronter les forces du mal, et à sauver la Terre des guerriers d'Outworld...
