99 Cahaya di Langit Eropa Part 1 mengisahkan perjalanan spiritual dan intelektual pasangan suami-istri asal Indonesia, Hanum Salsabiela Rais (diperankan Acha Septriasa) dan Rangga Almahendra (diperankan Abimana Aryasatya), yang tinggal di Wina, Austria. Rangga sedang melanjutkan studi doktoral, sementara Hanum mencoba menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di Eropa yang penuh tantangan budaya dan agama.
Di tengah perbedaan itu, Hanum bertemu dengan sahabat-sahabat baru seperti Fatma (Raline Shah), seorang wanita Turki yang taat dan cerdas, serta Marion (Dewi Sandra), mualaf asal Prancis. Pertemanan ini membuka matanya pada sejarah peradaban Islam yang pernah berjaya di Eropa dan bagaimana identitas Muslim dapat bertahan di tengah arus sekularisme Barat.
Film ini menyoroti jejak-jejak Islam di Eropa, perjuangan mempertahankan iman, dan pencarian makna hidup yang lebih dalam sebagai seorang Muslim dalam dunia modern.
