Nella Torre degli Spiriti, dopo aver sbloccato la Zona 3 liberando il Tempio di Neve, Duorotea spiega della Terra delle Onde nella parte sud-est di Hyrule. Per raggiungerla, è necessaria un'altra stele. Al settimo piano, nell'oscurità, dei Fantasmi Rossi con le spade illuminano l'area. Usando il Boomerang e le Bombe, si trova un oggetto dorato. All'ottavo piano, si incontrano Spettri della Torcia Fantasma e si raccolgono gocce di luce. Uno Spettro Ardente viene controllato per accendere bracieri. Raggiunto il nono piano, si apre un Portale premendo i pulsanti contemporaneamente a un Fantasma. Si scopre un simbolo che apre una porta contenente la Grande Chiave. I Maestri di Piano attaccano mentre Zelda porta la Grande Chiave verso il Portale. Dopo averli sconfitti, la Grande Chiave viene inserita per proseguire. Passando al decimo piano, si affronta un mini-boss simile a un soldato pesce. Raggiunto l'undicesimo piano, lo Spettro Ardente viene eliminato. Zelda ottiene la Stele della Terra delle Onde, sbloccando una nuova area nel mare. Sentieri e rotaie spirituali costeggiano la Terra delle Fronde. L'Area 4 è inaccessibile, il che riporta a Duorotea, che menziona Rotaius, il terzo membro della Locomotribe, che si trova al Santuario delle Onde. Tornando al Villaggio di Hyrule, il postino consegna la Carta Fedeltà di Terry per accumulare punti sugli acquisti. Al Castello di Hyrule, il Capitano addestra il protagonista, che gli conferisce Porta Cuori e oggetti rari. Dopo aver raggiunto lo status di Comandante attraverso l'addestramento, il protagonista diventa il Nuovo Comandante dell'Esercito di Hyrule.
