Suivant les conseils de Gregorovich, Alex, toujours accompagnés par ses amis Kyra et Tom, cherche à en savoir plus sur l'organisation criminelle Scorpia et se rend à Malte. Le jeune espion ignore que ses investigations vont le confronter à son passé et l'amener à découvrir la vérité sur la mort de ses parents. Au même moment, Scorpia menace le gouvernement britannique d'utiliser une arme de destruction massive. Adaptée du roman "Stormbreaker", cette troisième saison fait office de conclusion aux aventures de l'adolescent espion à la télévision.
