Quand elle était enfant, l'agent M a vu les Men in Black effacer la mémoire de ses parents. Elle n'a rien oublié et est bien décidée à intégrer ce corps d'élite. Recrutée par l'agent O, elle doit faire équipe avec l'agent H, lequel travaillait jusqu'ici avec High T. Ils ont pour mission de découvrir qui est la taupe de l'organisation et surtout mettre celle-ci hors d'état de nuire. Ils se rendent d'abord à Londres mais leur enquête les entraîne un peu partout à travers le globe...