Un año después del primer juego, Miles se ha integrado completamente en el traje negro y rojo como un experimentado Spider-Man mientras defiende a Nueva York de una guerra de pandillas entre una corporación energética y un ejército criminal de alta tecnología. El nuevo hogar de Miles, en Harlem, está en el corazón de la batalla, por lo que Parker le dice a Miles que tiene que ser como su difunto padre y transitar por el camino del bien para convertirse en un héroe para la ciudad de Nueva York.