Shaun, un mouton malicieux, vit avec son troupeau dans la ferme d'un paysan sympathique et myope. Un jour, il décide de prendre des vacances. Il tente ainsi d'endormir le fermier et y parvient tellement bien qu'il perd tout contrôle de la situation et voit le pauvre fermier emmené loin de son exploitation. En compagnie de Bitzer, le chien de berger, et du troupeau tout entier, Shaun doit bientôt rejoindre la grande ville et opérer le sauvetage du fermier. Une mission délicate au cours de laquelle il essaie d'empêcher le terrifiant Trumper, responsable de la fourrière, d'attraper les moutons égarés...