Anna, 12 ans, est orpheline. Solitaire, elle s'épanouit en dessinant. L'adolescente, un peu garçon manqué, vit dans une famille d'accueil en ville. Son asthme pousse sa mère adoptive à l'envoyer quelque temps à Hokkaïdo chez des parents éloignés qui vivent au bord de la mer. En se baladant, Anna découvre une très belle maison, ancienne et visiblement vide. Vide ? Pourtant, elle aperçoit une jeune fille à la fenêtre : c'est Marnie. Elles vont petit à petit lier une belle amitié quand elles découvrent qu'elles partagent un même mal-être. Seule ombre au tableau, Marnie disparaît sans prévenir. Intriguée, Anna tente de comprendre pourquoi. Quel est le secret de Marnie ?...