César, chef éclairé des singes, fait de son mieux pour préserver ses troupes d'un colonel humain décidé à éradiquer les primates. Quand celui-ci s'en prend à sa famille, César est assoiffé de vengeance. Il décide de lancer la riposte, entouré de ses soutiens loyaux, le chimpanzé Rocket, son bras droit l'orang-outan Maurice et le gorille sensible Luca. Avec ses alliés, César part en mission à travers les paysages enneigés. En chemin, ils rencontrent un évadé d'un zoo du nom de "mauvais singe" et Nova, une petite fille rendue muette à cause d'un virus. Tous ensemble, ils rejoignent une base militaire abandonnée dans les montagnes, où s'est réfugié le colonel. La confrontation est inévitable...