A bord de la station Auriga, l'armée parvient à redonner vie par clonage à Ripley, qui s'était suicidée dans la colonie pénitentiaire de Fiorina 161 après avoir été fécondée par un alien. Les généticiens recréent le foetus que portait la jeune femme avant d'enfermer la nouvelle Ripley, devenue dangereuse et incontrôlable. Tandis que les aliens se multiplient sous l'oeil attentif des scientifiques, une bande de mercenaires, dont Call, une androïde qui a reçu la mission d'éliminer Ripley et les créatures, débarque sur le vaisseau. Les échanges de tirs entre les soldats et les intrus permettent aux monstres de tromper la vigilance des scientifiques...