لقي قرنق حتفه في حادث تحطم طائرة هليكوبتر في يوليو-تموز 2005 بعد أقل من شهر من توليه رئاسة منطقة جنوب السودان المتمتعة بالحكم الذاتي، والتي قادها في تمرد ضد الحكومة المركزية في السودان منذ عقدين.