Marvel Ultimate Alliance 3 The Black Order sigue la tendencia que marcaron los dos juegos anteriores. El primero de ellos, desarrollado por Raven era una combinación de elementos RPG con combates (bastante "machacabotones") en perspectiva aérea. El segundo corrió a cargo de Vicarious Visions, y prescindía de elementos de rol, aunque ganaba profundidad en los enfrentamientos. Con esta tercera entrega también se impone la acción, pero no se han descuidado elementos como la mejora de poderes, el aumento de nivel y la configuración de equipos. 

Para empezar, nos encontramos con un sistema de combate lleno de posibilidades: cada héroe cuenta con dos ataques básicos, y con la posibilidad de usar sus poderes únicos (cuatro ataques especiales que hay que desbloquear y cuyo uso consume una barra de energía). Pero estos ataques "sinérgicos" cambian cuando nos acercamos a un segundo personaje y se convierten en golpes combinados. Los ataques combinados, además, nos permiten abrirnos paso por ciertos lugares, siguiendo un poco la línea de lo que hemos visto en la serie LEGO.

A todo ello hay que añadir la barra EX, que se rellena poco a poco, y nos permite ejecutar los golpes más poderosos. Siempre tenemos a 4 héroes en pantalla, bien en modo multijugador o en individual -podemos cambiar cuál controlamos con la cruceta- y eso nos permite lanzar los ataques EX al mismo tiempo. El impacto máximo del juego es la "alianza extrema" que se dispara cuando los 4 miembros del equipo activan su especial a la vez.