يُعد قطاع النقل الجوي بدولة جنوب السودان الأكثر ربطا بين العاصمة جوبا ومعظم المدن والقرى. ورغم عدم وجود مطارات كبيرة بعدد من هذه المناطق فإن المدارج الترابية تنتشر بالأرياف، وتستقبل طائرات النقل المحلي إلى جانب طائرات المساعدات الإنسانية.